台灣天然農業公司於107年8月成立，初期致力於研發及導入天然農業飼育技術。首先將實驗雞舍改建為自然採光和透風設計，屋頂 30% 面積換裝為透光材料，側牆打通為通風細網遮簾，打造出天然友善的飼育環境。其次是自製天然資材、發酵床，以友善動物的方式飼養雞隻。產出的雞蛋和肉雞，遵照技術指導老師徐洙源顧問之諄諄訓誨，初期以分享的方式，贈送親友、鄰舍漢族人，並取得回饋意見並予以改善，食用後均獲得好評。
第一階段開發成功後，為強化競爭力，導入原鄉特殊微生物菌種，109年與國立宜蘭大學生物資源學院合作，進行科學化驗證數據收集與解構，將核心技術進行標準化與規格化，針對飼料發酵製程期間微生物菌群之菌相消長進行監測，蛋雞飼養期間免疫指標與健康檢查、產蛋性能與品質進行科學驗證，以提供原鄉推廣時之科學佐證。另外，將此生物養殖技術施行於台灣本土培育的優良新品種 -畜試土雞雜交品系上。相信此優秀的培育組合，將能提升產品品質與市場價值。
本公司於109年獲准進入行政院農業委員會畜產試驗所創新育成中心，擴大發展原鄉土壤特殊微生物的採集和應用技術，建立標準飼育流程 (SOP) ，計畫在全台原鄉部落，培育在地部落青年，使用在地資材發酵益生菌，強化蛋雞腸道功能，飼養孵育台灣原生土雞品種。