由於朝野黨團均有防疫優先共識，在3天聯席會議審查及1次朝野黨團協商中並未刪除或凍結任何預算，立法院於3月13日三讀通過行政院提出的600億元「中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算案」。
行政院主計總處說明，本次提出的600億元特別預算案，有300億元是移用前年度歲計賸餘，另有300億元則仰賴舉債支應，其用途可分為196億元防治經費及404億元紓困、振興經費。一共涵蓋11個部會，其中以經濟部編列204.9億元最多，佔整個特別預算逾3成，內容包括匡列20億元發放振興抵用券，以及投入中小企業信用保證基金融資保證、企業技術研發補助、徵用口罩機器設備及調度防疫物資等項目。
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